Gesetzlich geregelt ist, wann eine Erlaubnis nicht erteilt werden kann.

Dies ist der Fall, wenn nicht vermeidbare, schädliche Gewässerveränderungen zu erwarten sind oder andere Anforderungen nach öffentlich-rechtlichen Vorschriften nicht erfüllt sind. Im Übrigen steht die Entscheidung im pflichtgemäßen Ermessen (Bewirtschaftungsermessen) der zuständigen Behörde (§ 12 WHG).

Beispielsweise setzt eine Erlaubnis für das Einleiten von Abwasser in Gewässer (Direkteinleitung) unter anderem voraus, dass die Schadstofffracht des Abwassers nach dem Stand der Technik so gering wie möglich ist.